Según la opinión más difundida y secundada, la ciudad fue fundada en el 25 a. C. con el nombre de Colonia Iulia Augusta Emerita5 6 por el legado Publio Carisio, y orden de Octavio Augusto, para los soldados eméritos licenciados del ejército romano, de dos legiones veteranas de las Guerras Cántabras: Legio V Alaudae y Legio X Gemina. El término emeritus significaba en latín «retirado» y se refería a los soldados licenciados con honor. Dichos militares se ubicarían en o cerca de un poblado prerromano o romano ya existente,7 pero en todo caso mezclados, puesto que Estrabón, III, 2, 15, cita expresamente a Mérida entre las ciudades «sinoicísticas», esto es, de población mixta indígena y romana.8 Sus ciudadanos romanos fueron adscritos a la tribu Papiria.
La ciudad fue la capital de la provincia romana de Lusitania. Se inicia así un periodo de gran esplendor del que dan testimonio sus magníficos edificios: el teatro, el anfiteatro, el circo, los templos, los puentes y acueductos.
Durante siglos y hasta la caída del Imperio Romano de Occidente, Mérida fue un importantísimo centro jurídico, económico, militar, cultural y una de las poblaciones más florecientes en época romana, que Ausonio catalogó en noveno lugar entre las más destacadas del Imperio (incluso por delante de Atenas) y en el siglo III se convirtió en la capital de la Diócesis Hispaniarum.
Periodo visigodo e invasión árabe
En épocas posteriores Mérida sufrió incursiones de los pueblos bárbaros hasta el asentamiento de los suevos, que la hicieron capital de su reino en el siglo V bajo el mandato de Requila. Posteriormente la ciudad también fue capital del Reino Visigodo, y por lo tanto de Hispania, en el siglo VI bajo el mandato de Agila I.
En el siglo VI sobresalen las figuras de varios obispos, los llamados Santos Padres de Mérida, y el cristianismo se arraiga con fuerza. De esta fe popular da muestra la figura de la Mártir Santa Eulalia, patrona y alcaldesa perpetua de la ciudad.
En el año 713 el caudillo árabe Musa ibn Nusair conquistó la ciudad tras 14 meses de resistencia de sus habitantes y esta se convirtió en capital de la Cora de Mérida. A comienzos del s. IX, los mozárabes de la ciudad se rebelan sucesivamente contra el poder central cordobés, que necesita hacer sucesivas campañas militares para reducirla entre el 805 y el 835, hasta que Abderraman II ordenó construir la Alcazaba y desmantelar las murallas romano-visigodas que defendían la ciudad, quedando su población y poder gravemente mermado.
Mérida será sede Metropolitana hasta 1119 en que se trasladará a Santiago de Compostela.
Reconquista
A principio del siglo XIII, en 1230, las tropas cristianas del rey Alfonso IX de León, reconquistarán Mérida y la convertirán en sede del Priorato de San Marcos de León de la Orden de Santiago.
La Encomienda de Mérida, también llamada Casas Buenas de Mérida, estaba constituida por la ciudad de Mérida, villa de Arroyo y parte de Puebla de la Calzada hasta que fue vendida a los condes de Montijo, junto con las aldeas situadas alrededor de la ciudad como Mirandilla, Aljucén, Carrascalejo, La Garrovilla, Calamonte, Trujillanos y San Pedro de Mérida.9 Después se fundó como aldea de la ciudad, Almendral de Mérida, independizada en 1536 con el nombre de Almendralejo.
Una vez reconquistadas las tierras emeritenses debería de haberse repuesto la sede episcopal más antigua de Hispania en la ciudad, pero debido a la negación de los obispos de Santiago de Compostela y Badajoz, y el incumplimiento de una orden papal del Vaticano, no se llegó a reponer.
Baja edad media y edad moderna
Será en época de los Reyes Católicos cuando la ciudad inicie una recuperación política gracias al apoyo del Maestre de Santiago, don Alonso de Cárdenas, defensor de la causa de Isabel la Católica.
Su contribución a la Conquista y colonización americana, será numerosa y significativa. Según Navarro del Castillo salieron para Indias unas 210 personas, entre las que destacan dos capitanes de renombre en la conquista de Venezuela: Juan Rodríguez Suárez y Garci González de Silva.
Con la reorganización territorial de España, realizada por Felipe V en 1720, la ciudad fue nombrada capital de la Intendencia de Mérida.
Invasión francesa y edad contemporánea
La invasión francesa supondrá para Mérida, igual que para el resto de Extremadura, una lamentable pérdida de parte de su patrimonio histórico artístico, pero con el tiempo se recuperará de estas adversidades, y como cuenta con población abnegada, sabrá motorizar su futuro y poner velas de progreso a su desarrollo. En 1810 fue nombrada capital de la Prefectura de Guadiana y Guadajira.
A la caída del Antiguo Régimen la localidad se constituye en municipio constitucional en la región de Extremadura. Desde 1834 cabecera y sede del Partido judicial de Mérida.10 En el censo de 1842 contaba con 986 hogares y 3780 vecinos.11
Posteriormente, cambia la situación, ya que como nudo ferroviario de Mérida han convertido a la ciudad en un núcleo industrial y de comercio en alza. Un desarrollo que se vio definitivamente respaldado con la designación de Mérida, en 1983, como Capital de la Comunidad Autónoma de Extremadura.
Junto a esta preponderancia política e industrial, la ciudad ha despertado, y sigue despertando, un gran interés por parte de arqueólogos e instituciones nacionales, regionales y locales que se afanan en sacar a la luz la inmensa riqueza arqueológica que se continua descubriendo.
Estas circunstancias motivaron que el Conjunto Arqueológico Emeritense fuera declarado Patrimonio de la Humanidad por la Unesco en diciembre de 1993. Anteriormente, la ciudad contaba con veinte monumentos nacionales y algunos en espera de obtenerla; y por Decreto de 8 de febrero de 1973, en vísperas de conmemorarse su Bimilenario, Mérida fue declarada «Conjunto Histórico-Arqueológico», única que ostenta esa denominación en España.
En 1994 se constituyó la Archidiócesis de Mérida-Badajoz, recuperándose, de este modo, la antiquísima sede metropolitana emeritense y devolviendo la dignidad catedralicia al templo de Santa María la Mayor, heredero de la Catedral Metropolitana de Emerita Augusta. Los orígenes de este Arzobispado se remontan a la época romana, en la que tuvo doce obispados sufragáneos, según el Edicto de Milán.
